Cơ Đốc Giáo bị Do Thái Giáo bắt bớ từ năm 35 đến năm 44. Sau đó lại bị các Hoàng đế La Mã sát hại từ năm 64 cho đến năm 312.
Tuy vậy, Cơ Đốc Giáo vẫn phát triển mạnh trong Đế Quốc La Mã. Đến thế kỷ II, Cơ Đốc Giáo đã thành lập được nhiều hội thánh trong lãnh thổ của Đế Quốc La Mã. Năm 292, Hoàng Đế Diocletian chia Đế Quốc La Mã ra Đông Đế Quốc và Tây Đế Quốc. Đến cuối thế kỷ IV, các Hội thánh Cơ Đốc nằm trong lãnh thổ của Đế Quốc La Mã được chia ra thành năm giáo khu. Giáo khu Rô-ma, thuộc Tây Giáo Hội, nằm trong lãnh thổ của Tây Đế Quốc, nói tiếng La-tinh, trở thành Công Giáo La Mã. Bốn Giáo Khu còn lại thuộc Đông Giáo Hội, nằm trong lãnh thổ của Đông Đế Quốc, nói tiếng Hy Lạp, gồm có: Constantinople (Thổ Nhĩ Kỳ), An-ti-ốt (Syria), Giê-ru-sa-lem (Do Thái) và Alexandria (Ai-cập). Mỗi giáo khu ở Đông Đế Quốc đặt dưới quyền quản nhiệm của một Giáo trưởng. Khi có cuộc tranh chấp quyền hành giữa các Giáo trưởng của các giáo khu thuộc Đông Đế Quốc và chức Giám mục của Giáo khu Rô-ma thuộc Tây Đế Quốc thì các giáo khu ở Đông Đế Quốc sát nhập lại với Giáo khu Constantinople thành một giáo khu. Từ đó, Giáo trưởng của Giáo khu Constantinople cai quản công việc Chúa nằm trong bờ cõi của Đông Đế Quốc. Giáo Khu Constantinople trở thành Chánh Thống Giáo hay Chánh Thống Giáo Đông Phương.
Chánh Thống Giáo là Giáo Hội Cơ Đốc lớn đứng vào hàng thứ ba sau Công Giáo La Mã và Tin Lành. Chánh Thống Giáo đặt dưới quyền điều hành của một Giáo Trưởng, tòa thánh đặt tại thành phố Constantinople (Thổ Nhĩ Kỳ). Chánh Thống Giáo (Orthodox Church), Chánh Thống Giáo Đông Phương (Eastern Orthodox Church) hay Chánh Thống Giáo Hy Lạp (Greek Orthodox Church) cho mình là những Hội thánh sơ khai do chính các sứ đồ của Đức Chúa Giê-xu thành lập từ lúc ban đầu ở những nước nói tiếng Hy Lạp ven bờ Địa Trung Hải như Cô-rinh-tô, An-ti-ốt, Ê-phê-sô…
Chánh Thống Giáo cho rằng Giáo Hội của mình luôn luôn giữ đúng các giáo lý mà Đức Chúa Giê-xu và các sứ đồ truyền dạy từ lúc ban đầu. Giáo Hội chỉ công nhận các quyết nghị về niềm tin của các Công Đồng có đại diện của Đông Giáo Hội (Chánh Thống Giáo) và Tây Giáo Hội (Công Giáo La Mã) tham dự, như Công Đồng Nicea I (325), Công Đồng Constantinople I (381), Công Đồng Ê-phê-sô (431), Công Đồng Chalcedon (451), Công Đồng Constantinople II (553), Công Đồng Constantinople III (680) và Công Đồng Nicea II (787). Giáo Hội Chánh Thống Giáo không chấp nhận các giáo lý do Tây Giáo Hội đơn phương đề ra sau bảy Công Đồng này.
Chánh Thống Giáo không công nhận quyền hạn của Giáo Hoàng ở Vatican. Đó là nguyên do chủ yếu làm cho Giáo Hội Chánh Thống Giáo và Công Giáo La Mã chính thức tách rời nhau năm 1054.
Các Hội Thánh của Giáo Hội Chánh Thống Giáo đều tự trị, nhưng hiệp nhất với nhau. Chánh Thống Giáo coi các nghi lễ thờ phượng là biểu tượng cho sự cứu chuộc của Đức Chúa Trời. Việc cử hành lễ Tiệc Thánh và chiêm ngưỡng hình ảnh thánh, là phần quan trọng trong các buổi thờ phượng của Chánh Thống Giáo.
Chánh Thống Giáo xem Đức Mẹ Maria, thiên sứ và các thánh là linh thiêng đáng được sùng kính. Chánh Thống Giáo tin rằng bánh và rượu của tiệc thánh trở thành huyết và thịt thật của Đức Chúa Giê-xu. Đó là lý do làm cho Chánh Thống Giáo khác biệt với các Giáo Hội Tin Lành Cải Chánh.
Chánh Thống Giáo làm báp têm cho tín hữu bằng cách dìm người dưới nước 3 lần. Nhân danh Đức Chúa Cha để dìm người dưới nước lần thứ nhứt, nhân danh Đức Chúa Con để dìm người dưới nước lần thứ hai và nhân danh Đức Thánh Linh để dìm người dưới nước lần thứ ba.
Chánh Thống Giáo tin Kinh Thánh là lời của Đức Chúa Trời không sai lầm, nhưng cũng tin các lời thánh truyền của Giáo Hội.
Vào năm 1453, thành Constantinople, nơi đặt Tòa Thánh của Chánh Thống Giáo, bị quân Hồi Giáo của Thổ Nhĩ Kỳ đánh chiếm. Đến năm 1500 Chánh Thống Giáo ở Nga đứng lên lãnh đạo các Hội thánh của Chánh Thống Giáo Miền Đông cho đến ngày nay.
Hiện nay, Chánh Thống Giáo có mặt ở Hy-Lạp, Thổ Nhĩ Kỳ, Nga, vùng Balkans, Trung Đông và các nước thuộc Liên Bang Xô-Viết cũ. Đến thế kỷ 20, Chánh Thống Giáo lan tràn đến Đông và Tây Âu, Phi Châu và Á Châu với khoảng 250 triệu tín hữu trên toàn thế giới.