Biểu tượng của đất nước Mặt trời mọc – ngọn núi Phú Sĩ tuyệt mỹ lâu nay vẫn khiến các nhà khoa học thắc mắc. Có cái gì đó hơi bí ẩn ở nơi đây: Ngọn núi này quá to và hoạt động quá mạnh so với vị trí của nó.
Phú Sĩ nằm trên một đới hút chìm, là ranh giới giữa hai mảng thạch quyển. Tại đây, mảng thạch quyển Philippine chìm xuống bên dưới Nhật Bản. Quá trình này làm nóng chảy đá, tạo ra rất nhiều túi dung nham nhỏ.
Thông thường, các núi lửa hình thành trong những khu vực như vậy có xu hướng yên tĩnh (ít khi phun trào) và thường bé nhỏ, đơn giản bởi chúng không nhận được đủ lượng magma cẩn thiết để to ra và hoạt động mạnh hơn.
Nhưng ngọn núi Phú Sĩ lại cao bất thường, và tạo ra vật liệu với tốc độ khoảng 10.000 kilomét khối sau 100.000 năm, lớn hơn các núi lửa khác ở điều kiện tương tự. Thêm nữa, dung nham của nó lại hơi giống với loại được tạo ra ở các dãy núi giữa đại dương (nơi hai mảng thạch quyển tách rời nhau, để magma ở dưới sâu phun trào lên).
Người ta đã khám phá ra một vết “rách” trong mảng thạch quyển biển Philippine ở ngay bên dưới chân núi Phú Sĩ. Từ vết rách này, một lượng lớn manti đã dâng lên, lấp đẩy khoang chứa dung nham của ngọn núi, khiến cho núi lửa cao thêm và hoạt động mãnh liệt hơn các anh chị em của nó. Vết rách này được tạo ra khi hai mảng lục địa ở gẩn đó va vào khoảng 2 triệu năm trước đây.