Trên cây bông, rất nhiều những quả bông nở, nhưng cuối cùng thật sự có thể nở thành bông lại không nhiều, đại bộ phận đều rơi xuống đất khi chưa chín. Đây là một nhược điểm lớn nhất của cây bông. Trong thực tiễn sinh trưởng, tỉ lệ rơi rụng của quả bông non thường trên 60%, cao có khi tới 70% – 80%, thậm chí tới 90%. Những quả bông non ở trên cây bông thời kì sau khi ra hoa từ 4 đến 8 ngày dễ rơi xuống, cho nên trong mấy ngày sau thời kì hoa nở rộ là thời kì quả bông rơi xuống nhiều nhất. Trong điều kiện bình thường, nếu xét một cây bông, quả bông ở trên cành của ba bộ phận trên, giữa và dưới thì bộ phận trên rơi khá nhiều; xét theo một cành quả của cây thì mấu đầu tiên thân chính rơi ít nhất, càng hướng ra phía ngoài càng rơi nhiều.
Nguyên nhân việc quả bông nổ rơi, ngoài sự gây hại của côn trùng và máy móc ra, chủ yếu là do sinh lí của cây bông. Vấn đề này, đến nay, trên thế giới vẫn là một vấn đề chưa được giải đáp, các nhà khoa học đang nỗ lực nghiên cứu. Căn cứ vào kết quả thu được từ thực tế sản xuất và nghiên cứu khoa học, nguyên nhân chủ yếu của việc quả bông rơi rụng là do sự phân phối vận chuyển chất dinh dưỡng hữu cơ của cây bông chưa hợp lí. Cây bông từ khi thấy bông đến khi ra hoa, kết quả bông, nở bông tơ, cần rất nhiều chất dinh dưỡng hữu cơ. Chất dinh dưỡng hữu cơ không đủ sẽ không thể phát triển tốt nụ bông; có khi không nở hoa mà rơi xuống, có khi nở hoa không thụ tinh được, cũng không kết được quả bông, có khi kết quả rồi nhưng lại không giữ nổi. Ánh sáng Mặt Trời có ảnh hưởng rất lớn tới sự sinh trưởng của cây, con người chú ý thấy những cây bông ở hai bên bờ ruộng, thường thường thân khỏe, quả khá nhiều, rơi ít, nhưng khi đi sâu vào trong ruộng, tình hình lại khác hẳn, kết quả ít, rơi nhiều. Từ sự nghiên cứu về chất đồng vị thực vật phóng xạ, biết rằng ánh nắng Mặt Trời có ảnh hưởng tới phương hướng vận chuyển những sản phẩm đồng hóa của lá bông. Vào sâu trong ruộng, đại bộ phận lá bông bị che ánh sáng, lá bị che nắng không chỉ không thể vận chuyển chất dinh dưỡng, ngược lại còn phải hấp thụ chất dinh dưỡng của phiến lá chuyển vào, vì vậy sự vận chuyển chất dinh dưỡng ra trở thành vận chuyển vào, sẽ giảm sự vận chuyển chất dinh dưỡng cho quả bông dẫn đến hiện tượng rụng. Nguyên nhân khác như chất dinh dưỡng phân phối không hợp lí, sự sinh trưởng dinh dưỡng của cây bông và sự sinh sôi không nhịp nhàng, cũng ảnh hưởng rất lớn tới rụng bông.
Đối với những nguyên nhân này, con người nên chú ý trồng một cách hợp lí, kịp thời chỉnh cành; phải phòng ngăn những biện pháp nông nghiệp không thích hợp như bón thiếu nước, khiến cho cây bông không lớn, cũng nên khống chế ruộng bông không cho hàng dày cớm, gây cho lá bông ở giữa và phía dưới bị che mất ánh sáng. Điều này đều có thể khiến cho sự vận chuyển, phân bố chất đồng vị hóa trong lá bông thay đổi, ảnh hưởng sự tăng giảm của việc rơi rụng bông.
Tất nhiên việc quản lí một cách toàn diện ruộng bông cũng rất quan trọng, nhằm tạo ra đất phù hợp nên vận dụng tổng hợp các biện pháp; ví dụ như bón phân đều, trong tình hình phân bón lót chưa đủ, lượng phân bón thúc không nhiều thì phân bón thúc nên tập trung dùng cho thời kì đầu của sinh trưởng; còn khi lượng phân bón lót đủ, lượng phân bón thúc cũng nhiều thì thời kì trước nên dùng ít phân bón thúc, đại bộ phận bón thúc sử dụng sau thời kì đầu của hoa.
Ngoài ra, thời kì sinh trưởng sau của cây bông cũng nên bón thúc phân đạm, tranh thủ kết nhiều quả. Chỉ có như vậy mới có thể giúp chất dinh dưỡng trong thân cây bông đầy đủ, vận chuyển phân bổ thích hợp, giảm sự rụng bông, được thu hoạch kịp thời.